De maneira pioneira no Brasil, o artigo 225, §3o, da CF/88, autorizou a responsabilização criminal das pessoas jurídicas por delito ambiental. Entrementes, para que uma pessoa jurídica seja responsabilizada por um crime ambiental no Brasil, é preciso que sejam realizados simultaneamente dois pressupostos previstos no artigo 3o, da Lei 9.605/98: que o crime ambiental tenha sido cometido por decisão de seu representante legal ou contratual, ou de seu órgão colegiado e que o crime ambiental tenha se consumado no interesse ou benefício da entidade. Contudo, a responsabilidade das pessoas jurídicas não exclui a das pessoas físicas, autoras, co-autoras ou partícipes do mesmo fato, assim como não existe responsabilidade penal objetiva.
De acordo com o STF, as pessoas jurídicas não poderão ser pacientes na ação constitucional de hábeas corpus, pois evidentemente não têm direito de locomoção. Nos crimes ambientais, a ação penal será de iniciativa pública incondicionada, existindo decisões do STF e do STJ que aplicaram o Princípio da Insignificância aos crimes ambientais. Em regra, competirá à Justiça Estadual julgar os crimes ambientais.
A Justiça Federal apenas terá competência apenas nas hipóteses do artigo 109, da Constituição: infrações penais praticadas em detrimento de bens, serviços ou interesse da União ou de suas entidades autárquicas ou empresas públicas, excluídas as contravenções; os crimes previstos em tratado ou convenção internacional, quando, iniciada a execução no País, o resultado tenha ou devesse ter ocorrido no estrangeiro, ou reciprocamente; os crimes cometidos a bordo de navios ou aeronaves.