O Princípio da Prevenção trabalha com a certeza científica. Volta-se ao risco certo, conhecido ou concreto, pois o órgão ambiental licenciador já conhece a existência, natureza e extensão dos impactos ambientais causados por determinada atividade, já vastamente estudada pela ciência ambiental.
Por outro lado, o Princípio da Precaução é o da dúvida científica. Trabalha com risco incerto, desconhecido ou abstrato. Normalmente é invocado em grandes polêmicas, onde são criadas novas atividades econômicas fruto do desenvolvimento tecnológico, quando não se sabe ao certo quais os danos ambientais a serem causados pelo projeto e sua intensidade. Se no Direito Penal existe o in dubio pro reo, no Direito Ambiental há o in dubio pro natura ou salute, em aplicação ao Princípio da Precaução. Conforme pontificado no princípio 15 da Declaração do Rio em 1992, “de modo a proteger o meio ambiente, o princípio da precaução deve ser amplamente observado pelos Estados, de acordo com suas capacidades.
Quando houver ameaça de danos sérios ou irreversíveis, a ausência de absoluta certeza científica não deve ser utilizada como razão para postergar medidas eficazes e economicamente viáveis para precaver a degradação ambiental”.